På vore nordlige breddegrader er der ganske enkelt for få insekter i vinterhalvåret til at flagermusene kan klare sig. Selvom man har registreret et decideret sydgående træk hos bl.a. nogle russiske flagermus er der intet der tyder på, at vore hjemlige flagermus i nævneværdig grad forlader landet.

I stedet opsøges en række forskellige overvintringsteder hvor temperatur og fugtigheds- forhold er optimale. Det foretrukne overvintringssted er meget afhængig af arten.

Nogle arter som brunflagermusen opholder sig udelukkende i hule træer, og syd- og skimmelflagermusen flytter kun ind i vore huse for vinteren.

Andre arter kan findes flere steder. Omkring halvdelen af vore arter søger mod kældre, kalkgruber, huler og kassematter.

Netop de jyske kalkgruber huser nogle af Vest-Europas største bestande af overvintrende flagermus. Adgangen til og ikke mindst roen i disse kilometervis af gamle minegange er derfor utrolig vigtig for en lang række af vore flagermus, ikke mindst for damflagermusen. Næsten hele den Europiske bestand af damflagermus overvintrer i de jyske kalkgruber, og der findes kun yderligere to mindre bestande i resten af verden!

I Syd-Europa går flagermusene i øvrigt ikke i vinterdvale, for her er der insekter nok - også om vinteren.