Nordiske flagermus parrer sig om efteråret. Flagermus, der overvintrer i kalkgruber, vides dog også at parre sig flere gange i løbet af vinteren.

Efter parirngen gemmes sæden i skeden til senere brug, og befrugtningen af æggene sker derfor ikke før ægløsningen i det tidlige forår.

Flagermus bliver generelt kønsmodne efter 2 år og får som regel en unge i slutningen af juni måned. Brun- og dværgflagermus får dog oftest to unger. Ungerne hænger sammen med moderen i store sociale grupper, "barselsstuer". Ungerne dier hos moderen i 4-6 uger, hvorefter de selv går på vingerne i august måned.

Den ringe ungeproduktion er i øvrigt årsagen til at flagermus bliver meget gamle deres ringe størrelse taget i betragtning. Ellers ville ungeproduktionen pr. flagermuseliv ikke være nok til at opretholde bestanden.

Gennemsnitsalderen er 5-6 år, men man kender dyr, der er blevet 24 år! Spidsmus bliver aldrig over 1 år og er af samme størrelse!

Skimmelflagermus, der kun findes nord for en linie Roskilde-Køge (og i Århus området), flyver om efteråret fra de nordsjællandske skove ind til storbyens højhuse, hvor den store parringsflugt finder sted. På dette tidspunkt kan man faktisk med det blotte øre høre flagermusenes skrig.